Meskipun ada beberapa kasus yang ditangani dengan baik, masih terdapat kekhawatiran bahwa ada pelaku pelanggaran HAM yang tidak dihukum secara adil. Selain itu, kebutuhan akan perlindungan hak-hak perempuan, kelompok minoritas, dan pekerja migran juga menjadi perhatian penting dalam penanganan pelanggaran HAM di Indonesia.
Presiden Joko Widodo mengatakan, sebagai kepala negara, dia mengakui dan menyesalkan terjadinya pelanggaran hak asasi manusia (HAM) berat di berbagai peristiwa. Presiden berjanji memulihkan hak
untuk mengatasi kasus pelanggaran HAM berat seperti kasus kekerasan tahun 1965 yang pelakunya tidak dapat dibuktikan namun pemerintah tetap dapat memberikan keadilan kepada para korban. Sedangkan untuk kasus pelanggaran HAM berat lainnya yang bukti masih dapat dikumpulkan, Komnas HAM bersama Menkopolhukam dan Kejaksaan
Kilas Balik 12 Kasus Pelanggaran HAM Berat yang Diakui dan Disesalkan Jokowi. Presiden Joko Widodo menerima laporan terkait pelanggaran HAM masa lalu dari Ketua Dewan Pengarah Tim Penyelesaian Non-Yudisial Pelanggaran HAM Berat Masa Lalu Mahfud MD (kanan) di Istana Merdeka, Jakarta, Rabu 11 Januari 2023. Pemerintah Indonesia mengakui terjadinyaKomnas HAM mengharapkan Presiden Jokowi segera mengambil inisiatif meminta maaf atau penyesalan kepada korban pelanggaran HAM pasca 1965. Hal ini merupakan percepatan penyelesaian persoalan itu
Kasus pelanggaran Hak Asasi Manusia (HAM) di Indonesia sudah terjadi sejak masa awal kemerdekaan dan tercatat dalam sejarah. HAM merupakan hak serta kebebasan fundamental bagi semua orang tanpa memandang asal-usul bangsa, jenis kelamin, etnis, agama, ras, bahasa, serta status lainnya. HAM sejatinya harus dijunjung tinggi dalam kehidupan sehariPengadilan HAM ad hoc. Penyelesaian kasus pelanggaran HAM Tanjung Priok diupayakan untuk diselesaikan melalui pengadilan HAM ad hoc. Hal ini mengacu pada Undang-undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM, pelanggaran HAM yang terjadi sebelum UU No 26/2000 berlaku dapat diadili melalui pengadilan HAM ad hoc.
Komnas HAM dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden No. 50 Tahun 1993 dan berdiri pada tanggal 15 Oktober 1993. Komnas HAM merupakan organisasi independen, tak berpihak, visioner, dan memiliki misi membantu menyelesaikan kasus-kasus pelanggaran HAM, serta melakukan kegiatan pendidikan dan penyuluhan masyarakat tentang HAM di Indonesia.Hal tentang kasus pelanggaran HAM ini tentunya membutuhkan perhatian khusus, maka dari itu upaya-upaya yang dapat mencegah terjadinya pelanggaran Hak Asasi Manusia harus disuarakan dan ditegakkan.